灭菌器是用于消除或杀死物体上所有微生物的设备，包括细菌、病毒、真菌和它们的孢子。不同类型的灭菌器工作原理各有差异，但主要的工作机制可以分为物理方法和化学方法两大类。

物理方法主要包括高温蒸汽灭菌、辐射灭菌和过滤灭菌。高温蒸汽灭菌器，如高压蒸汽灭菌器和脉动真空蒸汽灭菌器，依靠高温高压的蒸汽来杀死微生物。高压蒸汽灭菌器通过加热水产生蒸汽，增加灭菌器内的压力，从而提高蒸汽的温度，超过121摄氏度的温度能够使微生物的蛋白质和核酸变性，导致其死亡。脉动真空蒸汽灭菌器则在灭菌过程中通过多次抽真空和注入蒸汽，提高灭菌效果，并确保物品内部和表面都能被蒸汽充分渗透。

辐射灭菌则是利用紫外线、伽马射线或其他电离辐射的能量来破坏微生物的DNA和RNA，使其无法进行繁殖和生存。

过滤灭菌是通过高效过滤器去除空气中的微生物，常用于无菌操作和实验室设备的预处理。

化学方法包括使用化学消毒剂如甲醛、酒精等来灭活微生物。这些化学物质可以通过破坏微生物的细胞壁、蛋白质和核酸来达到灭菌效果。例如，甲醛灭菌器就是通过控制压力和温度，激发酒精和甲醛成为化学混合气体，增强其穿透力并提高灭菌能力。

综上所述，灭菌器的工作机制主要是通过物理或化学方法消除或杀死微生物，保障医疗设备和物品的清洁和无菌。在选择和使用灭菌器时，需要根据待灭菌物品的特性和要求，选择合适的灭菌方法和设备。